Gromacs - make_ndx (gmx make_index)

make_ndx (gromacs 4) | gmx make_index (gromacs 5+)

Pozwala dynamicznie tworzyć indeksy (pliki ndx)


Przykład:

make_ndx -f 4dopc.pdb -o index.ndx

Efekt:

Reading structure file
Going to read 0 old index file(s)
Analysing residue names:
There are:  2048      Other residues
There are: 26988      Water residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...

  0 System              : 151620 atoms
  1 Other               : 70656 atoms
  2 PCH                 : 12288 atoms
  3 GLC                 : 10240 atoms
  4 OLE                 : 48128 atoms
  5 Water               : 80964 atoms
  6 SOL                 : 80964 atoms
  7 non-Water           : 70656 atoms

 nr : group       !   'name' nr name   'splitch' nr    Enter: list groups
 'a': atom        &   'del' nr         'splitres' nr   'l': list residues
 't': atom type   |   'keep' nr        'splitat' nr    'h': help
 'r': residue         'res' nr         'chain' char
 "name": group        'case': case sensitive           'q': save and quit
 'ri': residue index

Możliwe jest wykonywanie akcji jak w instrukcji. Wynikowy plik zostanie zapisany w index.ndx. W czasie wykonywania najbardziej przydatne:

<enter> wyświetla listę
2|3|4 tworzy grupę złozoną z podanych grup (grupa 8)
name 8 LIPID zmienia nazwe grupy 8 (patrz poprzendi krok) na LIPID
del 0 usuwa grupę 0 (listy zostaja przenumerowane! Np. LIPIDS to teraz 7)
q wychodzi i zapisuje wszystkie pokazane listy

Jeśli znamy numery grup domyślnych, które stworzy gromacs, możemy przygotować skrypt bash do stworzenia listy (np. aby wykorzystac dla innych plików wejściowych plikach):

printf '2|3|4\nname 8 LIPIDS\nq\n' | make_ndx -f 4dopc.pdb -o index2.ndx